信息安全关键技术实验室
定位：
通过建立相应的研发和生产环境，具备信息安全主要软硬件及系统关键技术的研发能力和产品化能力，能够解决我国经济和国防建设中面临的主要信息安全技术问题，通过研发、推广核心的共性技术，带动我国信息安全行业发展。
主要工作：
主要负责以密码技术为核心的网络、系统、应用与数据等安全关键技术攻关，并进行技术成果的集成与产品化。
信息安全技术标准实验室
定位：
通过建立各类信息安全技术和协议的分析、验证和仿真手段，具备信息安全主要软硬件及其系统的标准论证、设计和制订能力，能够满足我国信息安全产业发展在标准化方面的需求，通过推动各类技术、产品和系统的标准化进程，促进我国信息安全产业的发展。
主要工作：
主要开展国家、地区和行业信息安全技术标准的研究、制订、验证与开发应用。
信息安全测评与服务实验室
定位：
通过研究开发信息安全测评与服务的关键技术及配套工具，建立面向信息安全主要技术、设备和系统的测试、分析环境，具备针对各类信息安全软硬件产品及信息系统进行测评的能力，满足我国信息技术产业发展在安全测评和安全服务方面的需求。
主要工作：
主要进行信息安全测评及服务的关键技术、工具及方法论研究，并面向政府部门及各企事业单位提供信息安全测试评估、密码测评、安全体系规划与建设、信息安全培训等全面的信息安全服务。
信息安全攻防技术实验室
定位：
通过开拓最新前沿安全领域技术研究，发现计算机以及网络系统中存在的各种安全缺陷，建立全面专业的漏洞库、攻击工具库等，提升取证和验证技术水平，提升我国在信息安全方面技术的前瞻性。
主要工作：
主要负责前沿安全趋势动态追踪、最新安全漏洞分析、0day漏洞发掘研究、web安全及浏览器安全技术研究分析、手机恶意代码分析研究、网络蜜罐捕获技术研究、软件逆向分析、恶意代码逆向分析，最新木马病毒技术研究等。